Abhängig von der Fragestellung, dem Erhaltungszustands des Objekts und dem direkten Umfeld des Objekts können unterschiedliche Arten der Probenahme und Untersuchungsmethoden durchgeführt werden.

Man sollte hierbei unterscheiden, ob die Untersuchung darauf zielt den Effekt auf Menschen (gesundheitliche Belastung) zu untersuchen oder ob der Schaden am Kulturgut im Vordergrund steht. In den meisten Fällen eines mikrobiellen Befalls von Kunst- und Kulturgut stehen sowohl gesundheitliche Risiken als auch der bereits stattgefundene bzw. potentielle zukünftige Schäden am Objekt zur Untersuchung.

Zur Auswahl der angemessenen Untersuchungen, sowie dem Einbeziehen der Gesamtsituation Vorort, wird empfohlen die Probenahme mit einer gleichzeitigen Begehung bzw. Besichtigung des Objekts durch den Mikrobiologen durchzuführen. Es können jedoch zugesandte Proben ebenso untersucht werden.

 Dr. Scheerer beim Messen der Konzentration der Mikroorganismen in der Atemluft der Kirche St. Georg auf der Insel Reichenau, ein UNESCO Weltkulturerbe, dessen Wandmalereien unter Schimmelbefall leiden.